織田信長の手によって一族を惨殺された伊賀の忍達は、再建を目指し、次の世代を背負う忍の育成に励んでいた。その中でも、もはや師匠である龍牙を凌ぐ実力を持ったくのいち・桐風は、伊賀を背負う忍であると親方様に認められながらも唯一の弱点の存在を知らされる。その時！桐風の実の兄・翔矢の死体とともにやってきた彼の師匠・火斬は、龍牙が翔矢を殺害し、里を抜け出したと報告。親愛なる師匠が実の兄を殺害したという複雑な気持ちに揺れ動きながらも、桐風は伊賀の掟のために自ら追手に志願し、抜け忍となった龍牙討伐の為に里を出る。弟弟子覇月を従えて山道をかき分けていく桐風…。ようやく見つけた山小屋で龍牙を見つけるが、心に迷いが生じどうしても手にかけることができない。掟に従えない桐風は火斬によって捕らえられ、拷問を受けることに！それぞれの思惑が交差する忍の世界…。事件の真相は？桐風の弱点とは？［HAPPY END］
